International Journal of Bifurcation and Chaos, 21(4), 1193–1202p. (2011) DOI:10.1142/S0218127411028969

Analysis of Intrinsically Disordered Regions in Proteins using Recurrence Quantification Analysis

A. Kulkarni, S. Karnik, S. Angadi

Identification of disordered regions in protein sequence(s) is a very important problem and a long standing puzzle to biologists. In many proteins, these structural disorders (an outcome of improper protein folding) inside an otherwise ordered structures exhibit many biological functions of significant importance. Classical approaches to identify these regions in a sequence rely mainly on the pattern recognition algorithms where-in amino acid residues are classified as ordered or disordered. In this work, we employ recurrence quantification analysis based approach to understand the complex dynamics underlying these regions. We hypothesize and demonstrate that these disordered regions show a strong evidence of the order-chaos-order transition pattern by using windowed recurrence quantification analysis on a database of 476 proteins available from http://www.disprot.org.

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