In: Time Warps, String Edits, and Macromolecules: The Theory and Practice of Sequence Comparison, Eds.: D. Sankoff and J. B. Kruskal, Addison-Wesley, Reading, Mass., ISBN: 0-201-07809-0, 1–44p. (1983)

An overview of sequence comparison

J. B. Kruskal

(From the Introduction:) It is often necessary to compare two or more sequences, or strings, or vectors, or continuous functions of time, etc., and measure the extent to which they differ. Comparison is used for identification, for error-correction, and for determining relationships. In many situations there is a natural correspondence between the elements, or components, or coordinates, or points of time etc., in one sequence and those in the other, and the only sensible comparison is between corresponding elements. In such situations it is easy to make the comparison. Sequence comparison deals with the more difficult comparisons that arise when the correspondence is not known in advance, perhaps because some underlying correspondence has been disturbed by the gain or loss of elements in one or both sequences. …

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