Proceedings of the IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference, 2004, 40–51p. (2004)

Recurrence Time Statistics: Versatile Tools for Genomic DNA Sequence Analysis

Y. Cao, W.-W. Tung, J. B. Gao

With the completion of the human and a few model organisms?f genomes, and the genomes of many other organisms waiting to be sequenced, it has become increasingly important to develop faster computational tools which are capable of easily identifying the structures and extracting features from DNA sequences. One of the more important structures in a DNA sequence is repeat-related. Often they have to be masked before protein coding regions along a DNA sequence are to be identified or redundant expressed sequence tags (ESTs) are to be sequenced. Here we report a novel recurrence time based method for sequence analysis. The method can conveniently study all kinds of periodicity and exhaustively find all repeat-related features from a genomic DNA sequence. An efficient codon index is also derived from the recurrence time statistics, which has the salient features of being largely species-independent and working well on very short sequences. Efficient codon indices are key elements of successful gene finding algorithms, and are particularly useful for determining whether a suspected EST belongs to a coding or non-coding region. We illustrate the power of the method by studying the genomes of E. coli, the yeast S. cervisivae, the nematode worm C. elegans, and the human, Homo sapiens. Computationally, our method is very efficient. It allows us to carry out analysis of genomes on the whole genomic scale by a PC.

back


Creative Commons License © 2017 SOME RIGHTS RESERVED
The content of this web site is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 2.0 Germany License.

Please note: The abstracts of the bibliography database may underly other copyrights.

Ihr Browser versucht gerade eine Seite aus dem sogenannten Internet auszudrucken. Das Internet ist ein weltweites Netzwerk von Computern, das den Menschen ganz neue Möglichkeiten der Kommunikation bietet.

Da Politiker im Regelfall von neuen Dingen nichts verstehen, halten wir es für notwendig, sie davor zu schützen. Dies ist im beidseitigen Interesse, da unnötige Angstzustände bei Ihnen verhindert werden, ebenso wie es uns vor profilierungs- und machtsüchtigen Politikern schützt.

Sollten Sie der Meinung sein, dass Sie diese Internetseite dennoch sehen sollten, so können Sie jederzeit durch normalen Gebrauch eines Internetbrowsers darauf zugreifen. Dazu sind aber minimale Computerkenntnisse erforderlich. Sollten Sie diese nicht haben, vergessen Sie einfach dieses Internet und lassen uns in Ruhe.

Die Umgehung dieser Ausdrucksperre ist nach §95a UrhG verboten.

Mehr Informationen unter www.politiker-stopp.de.